上海东亚研究所成立于1995年11月，是民间非营利社会科学研究机构和政策研究智库，其基本功能是观察、分析和研究东亚地区安全态势、台湾问题发展变化、海峡两岸关系动态、推进祖国统一进程以及港澳特区“一国两制”发展，以民间机构的独立思考和研究成果为官方决策提供咨询服务，以学术研究成果奉献于中国式现代化建设、完成祖国统一大业和中华民族伟大复兴。

上海东亚研究所实行理事会监事会下的所长负责制，并实行所务会集体决策、所例会民主讨论制，另设有学术委员会、学术咨询委员会及特约研究专家委员会。

上海东亚所的研究成果分别刊载于内部刊物《东亚专报》和《东亚动态》上，供有关决策部门参考。《东亚专报》和《东亚动态》每年分别出刊50期以上。

上海东亚研究所领导机构情况如下：

上海东亚所第六届理事会理事长：王海良

上海东亚所第六届理事会副理事长：钟焰、尤安山

上海东亚所监事长：周鹏

上海东亚所名誉所长：章念驰

上海东亚所所长：王海良

上海东亚所副所长：钟焰、包承柯

上海东亚所助理所长：李惟铮

上海东亚所学术委员会主任：钟焰

上海东亚所学术咨询委员会主任：王海良

上海东亚所特约研究专家委员会：包承柯